Depuis plusieurs décennies, des spécialistes de l’environnement évoquent l’effondrement de la biodiversité à différentes échelles et pour de multiples causes. La biodiversité de Garonne est une préoccupation majeure lorsque l’on évoque le fleuve en raison des espèces patrimoniales peuplant la vallée et les services rendus par les habitats présents, dont les zones humides.
La Garonne bénéficie d’un classement européen Natura 2 000 en raison notamment de son rôle d’axe de migration pour de multiples espèces piscicoles présentes dans le fleuve comme l’esturgeon européen, la grande alose ou encore le saumon atlantique. Elle bénéficie également d’une protection forte au travers des arrêtés préfectoraux de protection de biotope couvrant la majorité de son linéaire.
Face à constat, le Syndicat mixte d’études et d’aménagement de la Garonne (SMEAG) anime plusieurs politiques en faveur de la préservation et restauration des milieux naturels :
Cette partie de l'observatoire permet de valorisation l'ensemble de la connaissance tirée de ces 3 axes.